時系列の整理、とてもいい考えですね。私も考察しながら、客観的というとは難しいと感じますから。出来事が漫画のみだったか、アニメオリジナルなのかもたまに曖昧になることがありますし笑。
時系列表があると助かります。
最終回を終えて、アニメを考察にいれるかどうか、大変悩ましいところです。私も原作のみでの考察にしようかと思ってましたが、あの最終回を見て、考えが変わりました。
道筋は少し変わりましたが結末は(ほぼ)同じ、というccさくらアニメの過去作品の実績がありますので、「原作もアニメも、どのルートでも違和感のない結末はどこか」を探すのが鍵になるのではないかと今は思っています。
アニメオリジナルの描写などは、月刊漫画で表現しきれなかった補完要素(ミスリードもあるかと思いますが)、デフォルメ要素等と考えられそうです。
取捨選択が難しい場合は原作に立ち戻る形でいこうと思います。